Открытия, показывающие способность молекул РНК самовоспроизводиться, а также выполнять ферментативные функции, привели к возникновению гипотезы мира РНК. Последние новости дня на этот час. В основном потому, что гипотеза мира РНК подкрепляется большим числом экспериментальных свидетельств, чем набрали её конкуренты.
Гипотеза мира РНК
Сторонники гипотезы «мира РНК» указывают на две проблемы в этой теории. В 1964 г. Темин выдвинул гипотезу о существовании вирусспецифичного фермента, способного синтезировать на РНК-матрице комплементарную ДНК. Главная/Биология/Моделирование происхождения жизни: Новые доказательства существования "мира РНК".
Рибозим со свойствами РНК-полимеразы синтезировал функциональные молекулы РНК
Из этого выросло предположение о том, что хрупкие предки живых организмов были вынуждены существовать где-то, скрываясь от непрерывного потока стерилизующих все и вся лучей. Например, глубоко под водой — конечно, там, где имеется достаточно минеральных веществ, перемешивания, тепла и энергии для химических реакций. И такие места нашлись. Ближе к концу ХХ века стало ясно, что океанское дно никак не может быть пристанищем средневековых монстров: условия здесь слишком тяжелые, температура невелика, излучения нет, а редкая органика способна разве что оседать с поверхности. Фактически это обширнейшие полупустыни — за некоторыми примечательными исключениями: тут же, глубоко под водой, поблизости от выходов геотермальных источников, жизнь буквально бьет ключом. Насыщенная сульфидами черная вода горяча, активно перемешивается и содержит массу минералов.
Черные курильщики океана — весьма богатые и самобытные экосистемы: питающиеся на них бактерии используют железосерные реакции, о которых мы уже говорили. Они являются основой для вполне цветущей жизни, включая массу уникальных червей и креветок. Возможно, они были основой и зарождения жизни на планете: по крайней мере, теоретически такие системы несут в себе все необходимое для этого. И в этих фантазиях можно лишь позавидовать воображению древних авторов: по вопросу о том, из чего, как и почему возник космос, откуда и каким образом появилась жизнь — и люди, — версии звучали самые разные и почти всегда красивые. Растения, рыбы и звери вылавливались с морского дна громадным вороном, люди выползали червями из тела первопредка Паньгу, лепились из глины и пепла, рождались от браков богов и чудовищ.
Все это удивительно поэтично, но к науке, конечно, не имеет никакого отношения. Научно: Мир РНК В соответствии с принципами диалектического материализма жизнь — это «единство и борьба» двух начал: изменяющейся и передающейся по наследству информации, с одной стороны, и биохимических, структурных функций — с другой. Одно без другого невозможно — и вопрос о том, с чего жизнь началась, с информации и нуклеиновых кислот или с функций и белков, остается одним из самых сложных. А одним из известных решений этой парадоксальной задачи является гипотеза «мира РНК», появившаяся еще в конце 1960-х и окончательно оформившаяся в конце 1980-х. РНК — макромолекулы, в хранении и передаче информации не столь эффективные, как ДНК, а в выполнении ферментативных функций — не столь впечатляющие, как белки.
Зато молекулы РНК способны и на то, и на другое, и до сих пор они служат передаточным звеном в информационном обмене клетки, и катализируют целый ряд реакций в ней. РНК же может быть полностью автономной: она способна катализировать собственное «размножение» — и для начала этого достаточно. Исследования в рамках гипотезы «мира РНК» показали, что эти макромолекулы способны и к полноценной химической эволюции. Взять хотя бы наглядный пример, продемонстрированный калифорнийскими биофизиками во главе с Лесли Оргелом Lesley Orgel : если в раствор способной к саморепликации РНК добавить бромистый этидий, служащий для этой системы ядом, блокирующим синтез РНК, то понемногу, со сменой поколений макромолекул, в смеси появляются РНК, устойчивые даже к очень высоким концентрациям токсина. Примерно так, эволюционируя, первые молекулы РНК могли найти способ синтезировать первые инструменты-белки, а затем — в комплексе с ними — «открыть» для себя и двойную спираль ДНК, идеальный носитель наследственной информации.
По мнению ее сторонников, никакая жизнь вовсе никогда не возникала — как не рождалась и Земля, не появлялся и космос: они просто были всегда, всегда и пребудут. Все это не более обосновано, нежели черви Паньгу: чтобы всерьез принять такую «теорию», придется забыть о бесчисленных находках палеонтологии, геологии и астрономии. А по сути, отказаться от всего грандиозного здания современной науки — но тогда, наверное, стоит отказаться и от всего того, что полагается его жителям, включая компьютеры и безболезненное лечение зубов. Научно: Протоклетки Однако простой репликации для «нормальной жизни» недостаточно: любая жизнь — это, прежде всего, пространственно изолированный участок среды, разделяющий процессы обмена, облегчающий течение одних реакций и позволяющий исключать другие.
Это позволяет решить главную проблему возникновения жизни на Земле, согласно которой должны были существовать какие-то предшественники нуклеиновых кислот. Об этом сообщается в пресс-релизе на Phys. По мнению специалистов, маловероятно, что современная версия РНК сформировалась бы сразу.
Кто дал этим невидимым нами существам жизнь и снабдил эту жизнь такими исключительными свойствами? Если вы, читатель, не верите в чудеса на том основании, что все сверхъестественное противоречит законам природы или является нарушением этих законов; если вы вообще не верите во все то, «чего не видите, не понимаете, не можете объяснить», то объясните мне наличие в природе таких живучих микроорганизмов? Ученые отрицают чудеса, забывая о том, что весь мир видимый, Макрокосмос и Микрокосмос и все, что их наполняет — это сплошное чудо! Наука не признает возможности чуда, потому что сферой ее деятельности являются вещи исключительно материальные, видимые, осязаемые, объяснимые естественным путем. Но, если наука занимается только вещами, движущимися в пространстве, находящимися в природе, тогда такие отрасли науки, как психология или социология не имеют права называться науками, потому что их предмет не может быть проверен в лабораторных стеклянных пробирках. С другой стороны, если психология и социология суть науки, то на каком основании не признаются науками этика и религия, оперирующие в области морали, нравственности, души и духа? Если наука признает чудом все, что выходит за рамки естественных объяснений и ответов, то подобных необъяснимых в природе явлений — бесконечное множество. Если наука отказывается признать все эти феномены, феноменами, а пытается выдать их за «чудеса природы», «рефлексы мозга», «наследственность», «чрезмерно развитые физические инстинкты» и прочее, то тем хуже для науки. Ибо этим своим действием она лишает себя права называться подлинной наукой, призванной объяснять научным путем феномены Макрокосмоса и Микрокосмоса. Каждый факт в природе может быть связан с тайнами, которые трудно раскрыть, но мы не имеем права отрицать того или иного факта на том лишь основании, что его загадочность, нами еще не объяснена. Мы не представляем себе, например, чтобы разумный человек способен был отрицать электричество или магнетизм только потому, что нам непонятна их таинственная сущность. Истинная наука должна признать тот факт, что многие вещи могут быть реальными, истинными, хотя они и не могут быть судимы по анализам и результатам.
Согласно номенклатуре, этот фермент называют ДНК-нуклеотидилэкзотрансферазой, или теломерной терминальной трансферазой мол. Длина теломерной РНК колеблется от 150 нуклеотидов — у простейших до 1400 нуклеотидов — у дрожжей, у человека — 450 нуклеотидов. Наличие в молекуле теломеразы РНК-последовательности, по которой идет матричный синтез фрагмента ДНК, позволяет отнести теломеразу к своеобразной обратной транскриптазе, то есть ферменту, способному вести синтез ДНК по матрице РНК. Матричный участок представлен в теломеразной РНК только один раз. Его длина не превышает длину двух повторов в теломерной ДНК. На стадии элонгации выступающая цепь ДНК удлиняется до конца матрицы. После удлинения выступающей цепи ДНК до конца матрицы происходит транслокация, то есть перемещение матрицы и белковых субъединиц фермента на заново синтезированный конец теломеразной ДНК, и весь цикл повторяется вновь. Таким образом происходит решение проблемы концевой репликации ДНК у эукариот. Если молекула ДНК повреждена — например, подверглась разрыву double-strand break, DSB — для ее починки необходима матрица, в которой последовательность нуклеотидов соответствует исходному, «правильному» состоянию поврежденного участка. Ранее считалось, что в качестве таких матриц всегда используются другие молекулы ДНК. Позже было установлено, что иногда эти ДНК-матрицы синтезируются путем обратной транскрипции на основе РНК при участии ретротранспозонов. При изучении ретровирусов, геном которых представлен молекулами одноцепочечной РНК, было обнаружено, что в процессе внутриклеточного развития ретровирус проходит стадию интеграции своего генома в виде двухцепочечной ДНК в хромосомы клетки-хозяина. В 1964 г. Темин выдвинул гипотезу о существовании вирусспецифичного фермента, способного синтезировать на РНК-матрице комплементарную ДНК. Усилия, направленные на выделение такого фермента, увенчались успехом, и в 1970 г. Темин с Мизутани, а также независимо от них Балтимор открыли искомый фермент в препарате внеклеточных вирионов вируса саркомы Рауса. Каждый вирион полноценная вирусная частица, состоящая из нуклеиновой кислоты и белковой оболочки ретровирусов содержит две идентичные цепи РНК размером от 8000 до 10 000 нуклеотидов. Этапы обратной транскрипции: 1. Этот участок обычно обозначают как pbs от англ. Второй прыжок, в результате которого новосинтезированная вторая цепь ДНК комплементарно взаимодействует с тРНК-связывающей последовательностью первой цепи. Вся последовательность реакций протекает без явного участия ферментов репликации клетки-хозяина топоизомеразы, хеликазы, праймазы, ДНК-связывающего белка, лигазы и т. При этом следует отметить, что молекулы вирусных ДНК длиннее молекул вирусных РНК, которые послужили матрицей для обратной транскрипции. Books, 1986. Цитировано по Реакцию обратной транскрипции проводят в специально подобранных условиях с использованием сильных ингибиторов РНКазной активности. Матрицей служит первая цепь кДНК. Показано, что сочетание этих двух ферментов позволяет повысить выход полноценных двухцепочечных молекул кДНК. По окончании синтеза первая и вторая цепи кДНК остаются ковалентно связанными петлей шпильки, служившей праймером при синтезе второй цепи. Эту петлю расщепляют эндонуклеазой S1, специфически разрушающей одноцепочечные участки нуклеиновых кислот. Образующиеся при этом концы не всегда оказываются тупыми, и для повышения эффективности последующего клонирования их репарируют до тупых с помощью фрагмента Кленова ДНК-полимеразы I E. Уже одно это открытие формально поставило РНК в центр основного постулата молекулярной генетики, так как показало, что поток генетической информации распространяется от РНК не в одном, а в двух направлениях: не только к белку, но и к ДНК. Все более глубокое проникновение в механизмы основных молекулярно-генетических процессов репликацию, транскрипцию и трансляцию способствовало возникновению понятия о неканонических функциях РНК, осознанию полифункциональности рибонуклеиновых кислот. К достаточно давно определенным каноническим функциям РНК относятся: способность выполнять роль мессенджера при передаче наследственной информации о структуре белка от ДНК к белоксинтезирующему аппарату клеток мРНК , участвовать в формировании структуры рибосом рРНК , обеспечивать специфическое акцептирование и перенос аминокислот к рибосомам тРНК. Вместе с тем РНК свойственны особые неканонические функции, реализуемые на разных этапах программы жизни тех или иных организмов. В биосинтезе белка трансляции РНК безусловно играет определяющую роль. Различные по структуре рРНК формируют основу субчастиц рибосомы и определяют взаимодействие субчастиц при сборке полной рибосомы. Активация аминокислот, их специфическое акцептирование и доставка к рибосомам осуществляется тРНК. Кодон-антикодоновое взаимодействие между мРНК и тРНК обеспечивает перевод нуклеотидной последовательности информационных макромолекул в аминокислотную последовательность синтезируемых белков. Сама реакция образования пептидной связи транс-пептидирование и продвижение рибосомы по мРНК транслокация также, по всей видимости, связаны с функционированием рРНК. Пространственная структура мРНК непосредственно влияет на скорость трансляции, а ее способность взаимодействовать с разнообразными регуляторными белками, особенно характерная для высших эукариот, является основой для тонкой регуляции биосинтеза белка. При «включении» гена происходит локальное расплетение спирали ДНК. Затем с гена, кодирующего белковую молекулу, синтезируется его РНК-копия. После ряда «превращений» она становится матричной РНК, т. Он синтезируется из активированных аминокислот, присоединенных к специальным транспортным РНК. В процесс трансляции вовлечено множество макромолекул и макромолекулярных комплексов. При трансляции происходит считывание генетической информации, заключенной в мРНК, рибосомами и ее передача полипептидным цепям белков, то есть биосинтез полипептидных цепей, последовательность аминокислот в которых определена последовательностью нуклеотидов в мРНК в соответствии с генетическим кодом. Свободные аминокислоты не узнаются рибосомами. Чтобы это произошло, аминокислоты должны поступать в рибосомы в виде конъюгатов с тРНК аминоацилированных тРНК , последовательности нуклеотидов которых распознаются аппаратом трансляции. Именно эта последовательность, называемая антикодоном, определяет положение аминокислоты в полипептидной цепи. В ходе каждого индивидуального акта трансляции рибосома распознает кодон мРНК и в соответствии с ним выбирает аминоацилированную тРНК, антикодон которой соответствует транслируемому кодону. После этого происходит соединение посредством пептидной связи очередной аминокислоты с С-концевой аминокислотой растущей цепи полипептида. Таким образом, во время трансляции рибосома после связывания мРНК начинает последовательно, кодон за кодоном, перемещаться вдоль матрицы, выбирая из окружающей среды молекулы аминоацилированных тРНК. При этом каждый индивидуальный акт трансляции завершается присоединением выбранной молекулы аминокислоты к С-концевой аминокислоте синтезируемой цепи белка посредством пептидной связи. Процесс биосинтеза белка рибосомами, как и биосинтез любой другой макромолекулы клетки, условно разделяют на три этапа: инициацию, элонгацию и терминацию. Во время инициации трансляции происходит сборка нативной 70S или 80S рибосомы на транслируемой мРНК и подготовка к образованию пептидной связи между первыми двумя N-концевыми аминокислотными остатками синтезируемого полипептида. При элонгации происходит последовательное удлинение растущей цепи полипептида аминокислотными остатками, а терминация трансляции сопровождается прекращением синтеза полипептида и его высвобождением из трансляционного комплекса. При этом наблюдается разделение рибосомы и мРНК, после чего они вступают в новый цикл трансляции. В ходе трансляции рибосома последовательно перемещается вдоль транслируемой молекулы мРНК, считывая заключенную в ней генетическую информацию в виде триплетного генетического кода. При этом биосинтез полипептида начинается с его N-концевой аминокислоты [3]. В процессе транскрипции биосинтезе РНК на матрице ДНК большое значение имеет способность РНК образовывать разнообразные элементы вторичной структуры шпильки , которые влияют как на инициацию, так и на терминацию синтеза РНК. РНК активно участвует в процессе своего собственного созревания — процессинге первичных транскриптов про-РНК. У примитивных одноклеточных организмов выявлена способность РНК к аутостайсингу — вырезанию некодирующих участков интронов и сшиванию кодирующих фрагментов экзонов без участия белков-ферментов. У организмов, утративших способность к аутосплайсингу, в сплайсировании РНК тем не менее принимают участие особые молекулы — малые ядерные РНК мяРНК , необходимые для безошибочного вычленения интронов из молекул РНК-предшественников. Посттрансляционные модификации синтезированных в ходе трансляции полипептидов, в результате которых образуются функционально активные молекулы, также нередко сопряжены с присоединением к ним значительных по размерам молекул РНК. Информосомы, частицы, присутствующие в животных клетках и состоящие из высокомолекулярной нерибосомной рибонуклеиновой кислоты РНК и особого белка. Информосомы обнаружены впервые советским биохимиком А. Спириным с сотрудниками в 1964 в цитоплазме зародышей рыб, где они представлены смесью частиц разных размеров Отношение массы РНК к массе белка в информосомах постоянно около 1:4 и одинаково у всех частиц, независимо от их размера. Аналогичные частицы найдены в клетках млекопитающих, в том числе зараженных вирусами, а также у иглокожих и насекомых. Белок информосом служит, вероятно, для переноса иРНК из ядра в цитоплазму, а также для защиты иРНК от разрушения и регуляции скорости белкового синтеза. Малые ядерные РНК присутствуют в ядрах в комплексах с белками, получившими название малые рибонуклеопротеиновые частицы мяРНП. Стабильным компонентом мяРНП является белок фибрилларин — очень консервативный по структуре белок с молекулярной массой 34 кДа, локализованный в ядрышках.
Установлено, как первые формы жизни, возможно, упаковывали РНК
“[Гипотеза мира РНК] была сведена ритуальным злоупотреблением к чему-то вроде креационистской мантры”, и. Ученые из Института биологических исследований Солка провели исследования, подтверждающие гипотезу о мире РНК. Смелая гипотеза оказалась пророческой, в начале 80-х были найдены первые рибозимы — биокатализаторы на основе РНК. Ранее считалось, что на Земле способная к размножению жизнь возникла на основе РНК-молекул (так называемая, гипотеза РНК-мира). Сторонники гипотезы «мира РНК» указывают на две проблемы в этой теории.
Ученые предположили новое объяснение возникновения жизни на Земле
Эта теория предполагает, что молекулы пребиотиков рано объединились, чтобы сформировать РНК, молекулы, которые несут инструкции от ДНК в организмах сегодня. Проблема в том, что ингредиенты, такие как ферменты, для работы Мира РНК просто не существовали на ранней Земле. Мир РНК породил идею, что если вы каким-то образом синтезируете РНК, которая может реплицировать и катализировать реакции, все остальное автоматически следует. Часть проблемы заключается в том, что молекулы РНК образуют стабильные структуры, называемые дуплексами. Эти структуры обладают так называемым сильным сродством связывания.
Ученые отрицают чудеса, забывая о том, что весь мир видимый, Макрокосмос и Микрокосмос и все, что их наполняет — это сплошное чудо! Наука не признает возможности чуда, потому что сферой ее деятельности являются вещи исключительно материальные, видимые, осязаемые, объяснимые естественным путем. Но, если наука занимается только вещами, движущимися в пространстве, находящимися в природе, тогда такие отрасли науки, как психология или социология не имеют права называться науками, потому что их предмет не может быть проверен в лабораторных стеклянных пробирках. С другой стороны, если психология и социология суть науки, то на каком основании не признаются науками этика и религия, оперирующие в области морали, нравственности, души и духа? Если наука признает чудом все, что выходит за рамки естественных объяснений и ответов, то подобных необъяснимых в природе явлений — бесконечное множество. Если наука отказывается признать все эти феномены, феноменами, а пытается выдать их за «чудеса природы», «рефлексы мозга», «наследственность», «чрезмерно развитые физические инстинкты» и прочее, то тем хуже для науки. Ибо этим своим действием она лишает себя права называться подлинной наукой, призванной объяснять научным путем феномены Макрокосмоса и Микрокосмоса. Каждый факт в природе может быть связан с тайнами, которые трудно раскрыть, но мы не имеем права отрицать того или иного факта на том лишь основании, что его загадочность, нами еще не объяснена. Мы не представляем себе, например, чтобы разумный человек способен был отрицать электричество или магнетизм только потому, что нам непонятна их таинственная сущность. Истинная наука должна признать тот факт, что многие вещи могут быть реальными, истинными, хотя они и не могут быть судимы по анализам и результатам.
Созерцая Божий чудеса в Мирозданье, мы не можем сказать, что они противоречат законам природы, но в тоже время мы убеждаемся и в том, что они в рамки законов природы не укладываются. Если бы чудо подлежало естественным законам, то оно перестало бы рассматриваться чудом.
Ученые сравнили такое явление с регенерацией червей, которых разрезают на сегменты. Ранее ученые выяснили, что социальный статус влияет на активность генов и передается от матери к детям.
Что думаешь?
Для этого группа ученых под руководством Джона Сазерленда взяла не самые приятные вещи — сероводород и цианистый калий. Немного подержав их под ультрафиолетом, они получили… протонуклеотиды , маленькие кирпичики для создания нуклеиновых кислот. Более того, Сазерленд обнаружил возможность «самозарождения» некоторых аминокислот Пастеру бы этот вывод вряд ли понравился. Такая гипотеза возникновения РНК выглядит крайне привлекательной, хотя бы потому, что на свежесформированной планете, которая постоянно менялась и сталкивалась то с извержениями вулканов, то с метеоритами а они содержат довольно много цианида , этих трех ингредиентов было предостаточно. А еще в метеоритах была найдена рибоза, углевод, входящий в состав РНК при этом дезоксирибозы, входящей в состав ДНК, в них так и не обнаружили , — соответственно, и она могла быть занесена извне.
Но возникает следующий вопрос: допустим, в мире появилась РНК и первые аминокислоты — как перейти от этого супового набора к созданию чего-то более значимого? Молодой, ему всего 39 лет, профессор Карл Вёзе занимается делом всей своей жизни — молекулярной эволюцией. В какой-то момент Вёзе заметил, что маленькие РНК, участвующие в создании рибосом «машин» по сборке белка на основе генетического кода , — очень удобный материал для изучения мутаций и изменений, возникающих от вида к виду. Это своеобразные хронометры, и Вёзе решил прибегнуть к ним для изучения филогенетических, то есть эволюционных, деревьев. Вообще-то Вёзе хотел опровергнуть довлеющую теорию о том, что археи суть изменившиеся бактерии. Он считал, что всё живое можно разделить на три независимых домена — археи, бактерии и животные — и что археи не просто «странные бактерии», а целое отдельное царство, развивающееся по собственному пути. В конце концов, ему это удалось, но параллельно с открытием доменной структуры жизни Вёзе, всю жизнь изучавший РНК, пришел к неожиданному выводу.
Вёзе писал: «Мои эволюционные интересы были сосредоточены в первую очередь на бактериях и археях, эволюция которых охватывает большую часть истории планеты. Используя последовательность рибосомной РНК в качестве единицы измерения эволюции, мы реконструировали филогенетическое древо обеих групп и, таким образом, предоставили обоснованную систему классификации безъядерных организмов. Открытие архей фактически было продуктом этих исследований». Источник: On the evolution of cells И вот накопленные знания об РНК, ее свойствах и способности изменяться наталкивают Вёзе на мысль, что именно РНК была тем «посредником» между миром неорганических молекул и жизнью. В этом ему сильно помогает открытие у РНК способности к катализу — то, что раньше считалось только белковой привилегией, оказывается вовсе не редкостью для маленьких нуклеиновых кислот. Вёзе приходит к идее РНК-мира — всё началось с РНК, которая самокопировалась в воде и в какой-то момент начала самостоятельно создавать пептиды небольшие белки. Но тогда это была всего лишь гипотеза.
Обрастать плотью доказательств гипотеза стала позже, с приходом на мировую научную арену новых молекулярных биологов, в частности Уолтера Гилберта. Он занимался разработкой методов секвенирования — расшифровки нуклеотидной последовательности и за это в 1980 году получил Нобелевскую премию вместе с Полом Бергом. Но, как любой крупный ученый, Гилберт интересовался многим и в 1986 году опубликовал статью, развивающую идеи Вёзе, — « Происхождение жизни. РНК-мир ». Именно Гилберт придумал для гипотезы емкое название — РНК-мир. Все полученные данные об РНК неплохо укладывались в эту теорию. Нашлись и косвенные подтверждения гипотезы в самой молекулярной догме и процессах репликации то есть удвоения ДНК.
Дело в том, что если рассматривать всех участников молекулярной догмы, то можно заметить одну важную деталь: рибосомы для синтеза белка есть у всех и в целом очень похожи по строению — не важно, у кого мы будем брать рибосому, у архей, бактерий или эукариот.
Ученые обнаружили новые доказательства гипотезы РНК-мира
Гипотеза мира РНК — Структура рибозима — молекулы РНК, выполняющей функцию катализа Мир РНК — гипотетический этап возникновения жизни на Земле, когда как функцию хранения генетической информации. Это предположение называется гипотезой РНК-мира и пользуется поддержкой среди современных учёных. Гипотеза РНК-мира заключается в том, что первые репликаторы на Земле представляли собой РНК-молекулы, которые могли инициировать собственное воспроизведение без помощи белковых ферментов. Результаты исследования, которое фактически доказывает гипотезу существования РНК-мира, опубликованы в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS). Главная/Биология/Моделирование происхождения жизни: Новые доказательства существования "мира РНК". Сторонники гипотезы «мира РНК» указывают на две проблемы в этой теории.
Исследователи смешивают РНК и ДНК, чтобы изучить, как началась жизнь на Земле
Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории представили новые данных, подтверждающие гипотезу РНК-мира. Согласно этой гипотезе, первые репликаторы на Земле были представлены РНК-молекулами, способными к самовоспроизведению без участия белковых ферментов В сообщении, опубликованном в журнале eLife, ученые описывают механизм, согласно которому рибозимы могут возникать спонтанно и служить затравками для синтеза более длинных цепей РНК. Источник фото: Фото редакции Исследователи разработали модели, имитирующие случайные разрывы в простых молекулах РНК.
В лаборатории были получены относительно короткие молекулы РНК, способные дублировать другие. Самая короткая идентифицируемая длина составляет 165 оснований, хотя считается, что может быть достаточно и меньшего размера. Способность катализировать простые химические реакции, что позволяет создавать новые молекулы. Относительно короткие нити с такими возможностями были изготовлены в лаборатории.
Эта операция в настоящее время выполняется рибосомами , комплексами, состоящими из белков и двух длинных молекул РНК известных как рРНК , которые, как полагают, несут главную ответственность за активность синтеза белка. В лаборатории была синтезирована молекула, способная образовывать короткие пептиды. Можно предположить, что современные рибосомы могли произойти из таких молекул. Также было высказано предположение, что аминокислоты могли первоначально образовывать комплексы с молекулами РНК в качестве кофакторов , способных усиливать и диверсифицировать ферментативные способности; мРНК могла произойти из сходных молекул, а тРНК из филаментов, способных катализировать перенос одних и тех же аминокислот к коротким пептидам. Самое главное, эта группа делает молекулу менее стабильной, так как она может атаковать близлежащую фосфодиэфирную связь и разорвать ее. Другим существенным отличием является используемый набор оснований РНК , который включает урацил вместо тимина , используемого ДНК.
Это аналогичные молекулы, хотя для производства урацила требуется меньше энергии. С точки зрения спаривания соответствующих последствий нет: аденин способен безразлично связывать оба основания. Реальным ограничением использования урацила является то, что он может быть результатом дезаминирования цитозина , что делает молекулы РНК особенно восприимчивыми к мутациям, которые заменяют пары оснований , такие как GC на GU. Структура РНК делает ее длинные нити хрупкими по своей природе, которые могут подвергаться деградации посредством гидролиза. Ароматические основания, которые эффективно поглощают УФ -излучение , также очень склонны к структурным модификациям, что делает точность такого сохранения очень низкой. Наличие такой оптимизированной молекулы , как ДНК, объясняет, почему сегодня для этой цели не используется РНК, но не исключает, что это могло иметь место на первобытных стадиях жизни на Земле.
Значение гипотезы Свойства РНК делают существование мира РНК концептуально возможным, хотя его правдоподобие как объяснение происхождения жизни все еще обсуждается.
Полимеразы происходили от РНК-лигазы класса I — рибозима, который получили в лаборатории Джека Шостака еще в 1995 году. В присутствии матрицы и праймера ферменты Джойса могли реплицировать РНК длиной более 100 нуклеотидов. В работе 2020 года исследователи получили РНК-полимеразы класса I, способные синтезировать своего «предка» — РНК-лигазу класса I — в виде трех отдельных цепей, которые затем собирались в функциональный рибозим.
На этом примере можно понять, как работает эволюция РНК in vitro. Один из этапов эволюции РНК-полимеразы класса I —рибозима, производящего рибозимы. Credit: PNAS, 2020. DOI: 10.
На праймер отжигается матрица коричневый для синтеза участка РНК, превращающего шпильку с биотином в рибозим — молекулу РНК типа «головка молота» hammerhead , которая разрезает сама себя. Полимераза синтезирует hammerhead голубой на матрице, и вся конструкция захватывается на магнитные шарики со стрептавидином.
В начале процесса гликолевый альдегид реагирует с цианамидом, образуя промежуточное соединение — 2-аминооксазол 5. Периодический нагрев солнечными лучами и понижение температуры в ночной период позволяют произвести очистку 2-аминооксазола, превращая его в «заменитель» сахара и азотистого основания. Под воздействием УФ-излучения в присутствии неорганического фосфата процесс завершается образованием рибонуклеотида 1.
Коллеги ученых по достоинству оценили результаты их работы. Полная версия отчета ученых опубликована в журнале Nature.